Baltalimanı Sarayı 19. yüzyılın ilk yarısında Sadrazam Mustafa Reşit Paşa (1800–1858) tarafından 1600 m2'lik bir alanda iki katlı ve kâgir olarak yaptırılmıştır. Bina, Sultan Abdülmecit'in kızı Fatma Sultan ile evlendirilen, Mustafa Reşit Paşa'nın oğlu Galip Paşa'nın ikametine tahsis edilmiş ve Galip Paşa'nın ölümünden sonra Hazine tarafından satın alınmıştır.
Mustafa Reşit Paşa'nın Hariciye Nazırlığı döneminde 1838 yılında İngiltere ile takiben Belçika ve Fransa ile Osmanlı Devleti'nin mali alanda çöküşüne zemin hazırlayan ve tarihe Baltalimanı Anlaşması olarak geçen ticari anlaşmaların imzalandığı saray, 1887 yılında II. Abdülhamit'in küçük kız kardeşi Mediha Sultan'a tahsis edilmiştir.
Mediha Sultan'ın Londra Sefaret Kâtibi Ferit Bey ile (Damat Ferit Paşa) evlenmesinden sonra bina Damat Ferit Paşa Sarayı olarak anılmış ve 1922 yılına kadar yazlık saray olarak kullanılmıştır.
Cumhuriyet döneminde saray bir dönem metruk ve kapalı kalmış, yağmur ve çevre etkileriyle tavan dokusu, yaldızlı ve işlemeli yüzeyler yumuşayıp bazı kısımlar harap olmuş, sıvalar çürüyüp düşmüş, sahil ve rıhtım korunakları parçalanmış ve salon süsleri bozulmuştur. Takiben bir süre Tarım Bakanlığı'na bağlı Balıkçılık Enstitüsü olarak kullanılan bina 1943 senesinde Sağlık Bakanlığı'na devredilmiştir.
Bakanlığımız burada 85 yataklı bir "Kemik ve Mafsal Veremi Hastanesi" açmayı planlamış; gerekli onarım, iç düzenleme ve ıslahat yapılarak 19 Haziran 1944 tarihinde hastane olarak hizmete açılmıştır.
1955 yılında hastanenin ismi Baltalimanı Kemik Hastalıkları Hastanesi Deniz ve Güneş Tedavi Enstitüsü, 1960 yılında ise Baltalimanı Kemik Hastalıkları Hastanesi olarak değiştirilmiştir.
Hastanemiz Sağlık Bakanlığı tarafından 21 Aralık 2001 tarihinde özel dal eğitim ve araştırma hastanesi statüsüne geçirilmiş ve bu haliyle ülkemizin Ortopedi ve Travmatoloji alanında ilk ve tek özel dal eğitim hastanesi olmuştur. 2002 yılından itibaren Bakanlığımızın büyük yatırımları ile hastanemiz köklü bir yenilenmeye tabi tutulmuştur.
26 Ocak 2012 tarihinde El Cerrahisi Kliniği kurulmuş olup; klinik ilk olarak 26 Ağustos 2011 tarihinde öncelikle El Cerrahisi hastalarına yönelik (el, el bileği ve üst ekstremitenin cerrahi ve cerrahi olmayan hastalıklarının tedavisinden sorumlu ) hizmet vermek amacı ile faaliyetine başlamıştır.
24 Haziran 2016 tarihinde Sağlık Bakanlığımız ile Sağlık Bilimleri Üniversitesi arasında imzalanan protokolle hastanemiz, Üniversite Hastanesi Araştırma ve Uygulama Merkezi Statüsünü almıştır.
136 yataklı olan hastanemizde toplamda bir Ortopedi ve Travmatoloji Kliniği ile bir El Cerrahisi Kliniği olmak üzere 2 Eğitim Kliniği bulunmakta olup, bu kliniklerde 7 Öğretim Üyesi,2 Eğitim Görevlisi, 7 Başasistan, 24 Ortopedi Uzmanı ve 3 El Cerrahisi yan dal asistanı ile hizmetler sürdürülmektedir. Halen Ortopedi ve Travmatoloji kliniğinde 33 Asistan eğitim almaktadır.
Eğitim klinikleri dışında 24 farklı branşta poliklinik hizmet verilmekte olup 48 Uzman Hekim görev almaktadır.
Ayrıca Anesteziyoloji ve Temel Bilimlerde 15 Uzman Hekim görev yapmaktadır.
1-Ortopedi ve Travmatoloji Kliniği:
• Omurga Cerrahisi Grubu(1.GRUP)
• Tümör Cerrahisi Grubu(2.GRUP)
• Çocuk Ortopedisi ve Deformite Grubu(3.GRUP) olmak üzere üç grup mevcuttur.
2- El Cerrahisi Kliniği
Ayrıca hastanemiz Hareket Analizi Laboratuarı, Spor hekimliği birimi, 3D Skopi ve Cerrahi Navigasyon sistemi ile bilimsel kimliğini zenginleştirmekte ve hizmet yelpazesini genişletmektedir.
Kurum olarak hedefimiz; elimizdeki imkanları en verimli şekilde kullanarak hastalarımıza güvenli ve uluslararası kalite standartlarında sağlık hizmeti vermenin yanı sıra, bir eğitim kurumu olma bilinciyle, bilimsel ve teknolojik yenilikleri takip etmek, bunları hastanemize kazandırmak, uluslararası standartlarda bilimsel çalışmalar yapmak ve bu düzeyde kabul gören akademisyenler yetiştirmek, insana saygılı, vatansever, kendi branşında çağdaş bilgilerle donanımlı ve nitelikli uzman hekim ve sağlık personeli yetiştirerek ülkemizin sağlık hizmetlerine katkı sağlamaktır.